歷時7年升級重建的皇崗口岸，10月12日早上6時30分正式開通，提供24小時旅客及客運車輛通關服務。新口岸實施「一地兩檢」，並首次在深港之間採用「合作查驗、一次放行」模式，首批旅客使用自助通道，約20秒完成兩地出入境手續。
當天清晨6時前，從香港市區出發的跨境巴士、專線小巴及專營巴士陸續抵達新口岸港方口岸區，旅客等候進入聯檢大樓。6時30分，口岸閘門開啟，首名由香港前往深圳的旅客走進五樓入境大廳，經合作查驗通道刷證、核驗及過閘，全程約20秒。
首名入境旅客黃女士表示，能率先體驗皇崗口岸的新通關模式，感到非常榮幸，並形容通關快捷、口岸設計現代化。現場聯檢大樓指引清晰，各查驗通道運作有序，工作人員協助旅客熟悉新設施及通關流程。
深圳市人民政府口岸辦公室口岸一處處長薛華明表示，海關、邊檢、口岸运維及保障團隊已做好準備，各類服務設施均經過檢測，運行狀態良好，希望透過充分準備及服務安排，提升旅客通關體驗。
深圳邊檢總站皇崗邊檢站執勤十四隊副隊長楊子恒表示，預計口岸開通初期出入境客流約為每日5萬至10萬人次，隨着客流逐步增加，日後有望達到每日20萬人次的設計通關能力，較重建前每日5萬人次提高3倍。
兩地查驗整合排隊一次
新聯檢大樓設有134條自助通道、68個人工櫃枱及28條車輛通道。開通當天，202條旅客查驗通道全部啟用。深港兩地聯檢單位在同一大樓內辦理查驗，旅客毋須再於深圳皇崗口岸與香港落馬洲管制站之間乘搭接駁車，分別接受兩輪檢查。
旅客自助通關採用「三合一」合作查驗通道，將香港入境事務處、深圳海關及深圳邊檢的查驗和檢疫功能整合。合資格旅客只需排隊一次、出示一次證件，便可完成兩地出入境手續及相關衛生檢疫流程。
使用合作查驗自助通道須先完成登記。合資格香港居民，以及持往來港澳通行證和有效訪港簽注的內地訪客，可在口岸登記處辦理；18歲或以上合資格旅客，也可在自助通道一併登記及過關。未能使用自助通道的人士，可經人工櫃枱辦理手續。
車輛通關則首次採用「五合一」合作查驗通道，一次完成深港5家查驗單位的信息採集及系統核驗，實現「一次停靠、一次查驗、協同驗放」。口岸另設隨車查驗廳、專屬通行通道及特殊旅客關愛室，配合人車分流安排。
新口岸啟用後，深圳皇崗口岸臨時旅檢樓及香港落馬洲管制站的旅檢服務同步停用。深圳一側可接駁地鐵7號線皇崗口岸站，香港一側則由口岸巴士及跨境交通服務接載旅客。
新聯檢大樓建築面積近69萬平方米，設地上五層、地下四層，重建後全面轉為旅客查驗口岸，不再處理貨車通關。大樓出境大廳北側設有形似眼睛的內收幕牆「黃金眼」，旅客可從該處眺望深圳河及兩岸景觀。口岸亦為APEC服務保障作專項安排，設外籍旅客「一站式」服務中心，提供通訊、交通、支付及文旅資訊，並配置服務人員及翻譯設備。（編輯部）
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