1997年11月，經過三年全面修繕的玫瑰堂重新開放，其左側一座四層鐘樓被改造為“聖物寶庫”，耗資60萬澳門元修復。這座寶庫保留了鐘樓原有的木結構，與玫瑰堂的歐陸建築風格相協調。聖物寶庫收藏超過200件宗教藝術品，涵蓋金銀銅器、木雕、象牙雕刻及絲綢祭衣等類別。展品中還包括19世紀鍍金聖杯、中國絲綢刺繡的祭衣，以及記錄澳門天主教歷史的油畫。部分文物由其他教堂及社會人士捐贈，例如一件18世紀葡萄牙象牙聖母像，底座刻有拉丁文“ In Tenebris Lux ”（黑暗中的光），象徵傳教士在亞洲的堅守。2000年7月，聖物寶庫遭遇盜竊，四串珍貴念珠失竊，包括一串19世紀以金絲編織的玫瑰聖母念珠，其餘三串為20世紀製作的鑲寶石念珠。此次事件促使管理方加強安防措施，但展品的宗教與歷史價值仍吸引眾多研究者與訪客。二樓特設展室以圖片、文獻和建築構件模型，詳細記錄1994至1997年的修繕工程。作為澳門現存最系統的宗教文物收藏地，聖物寶庫不僅呈現天主教在澳門的傳播軌跡，更通過實物印證了中西工藝的交流。其展品數量與歷史跨度超過大三巴宗教博物館，成為研究澳門宗教史不可替代的實證空間。
玫瑰堂內的聖物寶庫藏品。（澳門記憶官網圖片）
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